Berikut ini adalah sarana dan prasarana yang ada di Madrasah Tsanawiyah Sunan Pandanaran :
- Gedung madrasah putra 3 lantai
- Gedung madrasah putra 4 lantai
- Gedung madrasah putri 3 lantai
- Laboratorium Komputer 7 ruang dengan kapasitas 200 unit Komputer
- Laboratorium IPA
- Perpustakaan Darul Hikmah
- Pos Kesehatan Santri (Poskestren)
- Asrama Santri
- Hall Al Jauharoh
- Lapangan Basket
- Lapangan Futsal
- Lapangan Bola Voli
- Kolam Ikan Terapi
- Kolam IPAL
- Ruang Kepala Sekolah
- Ruang Kepala Tata Usaha
- Ruang Pelayanan Tata Usaha
- Ruang Lobi
- Ruang Guru
- Ruang HTT (OSIS)
- Ruang BK/BP
- Ruang Piket
- Ruang Gudang
- Ruang Jaga
- Ruang UKS
- Pojok Baca
- Parkir
- Masjid
- WC Guru
- WC Laki-laki
- WC Perempuan
- Koperasi
- Kantin
- Lapangan Multi
