Kualitas tamatan madrasah dituntut untuk memenuhi standar kompetensi secara umum. Salah satunya, selain mampu menguasai materi pelajaran, siswa harus dapat berinteraksi dan aktif dalam hubungan sosial yang bersifat Non-Formal
Kegiatan UKM (unit Kegiatan Madrasah) merupakan salah satu alat pengenalan siswa pada hubungan sosial. Di dalamnya terdapat pendidikan pengenalan diri dan pengembangan kemampuan juga batat yang dimiliki siswa selain pemahaman materi pelajaran di dalam kelas
Berangkat dari pemikiran tersebut, di MTs Sunan Pandanaran diselenggarakan berbagai kegiatan ekstrakurikuler.
Selain HTT sebagai induk kegiatan UKM di madrasah, kegiatan UKM lainnya adalah:
- Pramuka
- Paskibra
- Palang Merah Remaja (PMR)
- Olahraga (Bola Voli, Sepak Bola, Bola Basket, Silat, Badminton, Tenis Meja, )
- Kaligrafi
- Marching Band
- Hadrah
- Qiro’ah
- Robotik
