Beasiswa yang ada di MTs Sunan Pandanasran adalah:
1. Beasiswa Anak Yatim
Beasiswa ini berasal dari Yayasan Pondok Pesantren Sunan pandanaran yang diberikan kepada siswa /i di MTs Sunan pandanaran yang berstatus sebagai anak Yatim. Beasisiwa ini mebebebaskan biaya Syahriyah Pesantren selama 10 Bulan
2. Beasiswa Bersaudara
Beasiswa ini berasal dari Yayasan Pondok Pesantren Sunan pandanaran yang diberikan kepada siswa / siswi saudara kandung yang secara bersamaan sedang menempuh pendidikan di MTs/MA Sunan pandanaran. Beasisiwa ini mebebebaskan biaya Syahriyah Pesantren selama 6 Bulan diberikan kepada saudara termuda ( adik) kakak tetap membayar secara normal.
3. Beasiswa Berprestasi
Beasiswa ini diberikan kepada siswa/i yang berprestasi dengan merah rangking paralel
4. MTs Sunan Pandanaran juga memfasilitasi bagi siswa/i yang memiliki kartu indonesia pintar (KIP) untuk mendapatkan beasiswa dari pemerintah sebanyak Rp. 375.000,- /Semester.
